Actualmente o território do PNP alberga as populações duma subespécie endémica de musaranho Crocidura poensis  e de quatro espécies de morcegos nomeadamente: os morcegos frugivoros Eidolon helvum e Rousettus aegyptiacus princeps (subespécie endémica do Príncipe) e os morcegos insectívoros Hipposideros ruber e uma espécie do género Pipistrellus endémica do Príncipe ainda não classificada. Uma das espécies mais conhecidas e comuns é o primata Cercopithecus mona que possui populações distribuídas por todo o País